Sinopsis BABY GENIUSES mengisahkan tentang seorang ilmuwan yang berusaha untuk memecahkan bahasa bayi. Memang sudah semenjak dulu, tidak ada satu orang pun yang bisa maupun berhasil untuk bisa memecahkan bahasa bayi. Hal tersebutlah yang ingin dilakukan oleh Dr. Kinder yang merupakan seorang ilmuwan jenius. Dr. Kinder memiliki keyakinan besar bahwa apabila bahasa bayi dapat dipecahkan maka rahasia alam semesta juga dapat dipecahkan.

Karena Dr. Kinder percaya bahwa manusia saat masih bayi sebenarnya datang bersamaan dengan rahasia alam semesta yang ia bawa. Namun dengan bertambahnya usia maka perlahan manusia juga melupakan rahasia alam semesta tersebut. Yang apabila rahasia alam semesta tersebut dapat diungkapkan maka akan menjadi keuntungan yang besar bagi penemunya.

Hal tersebutlah yang menjadi motif utama dari Dr. Kinder untuk memecahkan bahasa dari para bayi. Agar nantinya Dr. Kinder bisa menjadi penguasa dunia. Untuk bisa mewujudkan hal tersebut maka Dr. Kinder melakukan uji coba terhadap para bayi. Dimana Dr. Kinder memberikan semacam zat kimia untuk membuat para bayi tersebut memiliki kecerdasan diatas rata-rata.

Agar nantinya Dr.Kinder bisa memecahkan bahasa bayi dari para bayi itu sendiri. Namun bayi yang paling jenius dari percobaan Dr.Kinder ternyata kabur dari laboratorium. Bayi tersebut bernama Sly. Ternyata Sly mengetahui rencana jahat yang dimiliki oleh Dr.Kinder. tentu saja Sly tidak menginginkan menjadi bagian dari rencana jahat untuk menguasai dunia.

Sementara itu, di sisi lain ada bayi lainnya yang bernama Witt. Dimana dia dibesarkan dengan kasih sayang melimpah dari kedua orang tuanya. Namun kemudian Witt baru mengetahui bahwa kedua orang tuanya selama ini ternyata bukanlah orang tua kandungnya namun hanya orang tua angkatnya. Kejutan tidak berhenti sampai disitu saja bagi Witt, karena ia kemudian tanpa sengaja bertemu dengan Sly.

Ternyata mereka berdua adalah bayi kembar yang selama ini terpisah. Sly kemudian meminta bantuan Witt untuk mengumpulkan para bayi untuk membantu membebaskan teman-teman bayinya yang masih berada di laboratorium. Agar nantinya mereka bisa bekerja sama untuk bisa mengalahkan Dr.Kinder.